ПОДБОР СПЕЦИФИЧЕСКИХ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ПЦР ПРИ ЛЕЙКОЗЕ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА

метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) широко применяется для решения различных задач. ПЦР широко применяется для детекции патогенов бактериальной и вирусной природы. Праймеры являются очень важным компонентом ПЦР, поскольку специфичность амплификации зависит в первую очередь от них. Они необходимы для работы фермента и являются специфичными к фрагменту интереса. По итогам отбора нуклеотидных последовательностей генома или отдельных фрагментов РНК вируса из международной базы данных на сайте NCBI, было выявлено большое количество последовательностей для вируса лейкоза крупного рогатого скота, которые хранятся в банках генов и ежедневно пополняющихся новыми данными. Конструирование праймеров с соблюдением необходимых параметров проводится с помощью различных компьютерных программ, основными из которых являются MUSCLE, UGENE V.36.0, Primer-BLAST, Oligo Analyzer и другие. Сконструированные праймеры затем синтезировали на синтезаторе олигонуклеотидов Expedite 8909, согласно инструкции прилагаемой к прибору. В результате проведенных опытов нами были подобраны и синтезированы специфические синтетические олигонуклеотиды env (g51) _1 и env (g51) _2, для постановки ПЦР при лейкозе крупного рогатого скота.

1. ICTV International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Available online at: https://talk.ictvonline.org/taxonomy

2. Buehring G.C., DeLaney A., Shen H. et. al. Bovine leukemia virus discovered in human blood // BMCInfect Dis. – 2019. – Vol. 19, Issue 1. – P. 297-1-297-10. doi: 10.1186/s12879-019-3891-9.

3. Khatami A., Pormohammad A., Farzi R. et. al. Bovine Leukemia virus (BLV) and risk of breast cancer:a systematic review and meta-analysis of case-control studies // Infect Agent Cancer. – 2020. – Vol.15. – P. 48-1-48-8. doi: 10.1186/s13027-020-00314-7.

4. Gillet М., Florins A., Boxus M. et. al. Mechanisms of leukemogenesis induced by bovine leukemia virus: prospects for novel anti-retroviral therapies in human // Retrovirology. – 2007. – Vol. 4. – P. 18-1-18-32. https://doi.org/10.1186/1742-4690-4-18

5. Polat M., Takeshima S.N., Aida Y. Epidemiology and genetic diversity of bovine leukemia virus // Virol J. – 2017. - Vol.14, Issue 1. – P. 209-1-209-16. doi: 10.1186/s12985-017-0876-4.

6. Sultanov A., Rola-Łuszczak M., Mamanova S. et al. Molecular Characterization of Bovine Leukemia Virus with the Evidence of a New Genotype Circulating in Cattle from Kazakhstan / Pathogens. – 2022. – Vol. 11, Issue 2. – P. 180-1-180-21. doi:10.3390/pathogens11020180

7. Bartlett P.C., Ruggiero V.J, Hutchinson H.C. et.al. Current Developments in the Epidemiology and Control of Enzootic Bovine Leukosis as Caused by Bovine Leukemia Virus // Pathogens. – 2020. – Vol. 9, Issue 12. – P. 1058-1-1058-13. doi: 10.3390/pathogens9121058.

8. Petropavlovsky M.V. Immuno-biological evaluation of individual genetic variants of bovine leukemia virus in the conditions of the Ural region / Collection: Digital agriculture - development strategy Proceedings of the International Scientific and Practical Conference (ISPC 2019). Ser. «Advances in Intelligent Systems Research» . – 2019. – P. 372-377.

9. Hamada R., Metwally S., Polat M. et. al. Detection and Molecular Characterization of Bovine Leukemia Virus in Egyptian Dairy Cattle // Front Vet Sci. – 2020. – Vol. 7. – P. 608-1-608-13. doi: 10.3389/fvets.2020.00608

10. Петропавловский М.В., Безбородова Н.А., Романова А.С. и др. Опыт применения полимеразной цепной реакции при диагностике вируса лейкоза крупного рогатого скота и ее эффективность на разных этапах проведения оздоровительных мероприятий / Аграрный вестник Урала. – 2019. – №12(191). – С. 52-59.

11. Вангели С.В. Сравнительная ультраструктурная характеристика культур клеток, хронически инфицированных вирусом лейкоза крупного рогатого скота: дис... канд.вет.наук: 06.02.02 / Вангели Сергей Валерьевич. – Москва, 2015. – 114 с.

12. Kerkhofs P., Gatot S., Knapen K. Longterm protection against bovine leukaemia virus replication in cattle and sheep / J. Gen.Virol. – 2000. – Vol. 81. – P. 957-963.

13. Rossler Н., Burkhardt Н., Rosental S. Influence of different culture conditions on BLV expression in permanently infected PLK cell lines / Folia biol. (CSSR). – 1985. – Vol.31, Issue 4. – P. 273-283.

14. Schwartz I., Bensaid A., Polack B. In vivo leukocyte tropism of bovine leukemia virus in sheep and cattle / J. Virol. – 1994. – Vol. 68, Issue 7. – P.4589-4596.

15. Bruck C., Rensonnet N., Portetelle D. et.al. Biologically active epitopes of bovine leukemia virus glycoprotein gp51: their dependence on protein glycosylation and genetic variability // Virology. – 1984. – Vol. 136, Issue 1. – P. 20-31. doi: 10.1016/0042-6822(84)90244-7.

16. Sagata N., Yasunaga T., Tsuzuku-Kawamura J. et. al. Complete nucleotide sequence of the genome of bovine leukemia virus: its evolutionary relationship to other retroviruses // Proc Natl Acad Sci U S A. – 1985. – Vol. 82, Issue 3. – P. 677-681. doi: 10.1073/pnas.82.3.677.

17. Dieffenbach C., Dveksler G. PCR Primer: A Laboratory Manual / Cold Spring Harbor Laboratory Pr., – Р. 2003-520.

18. Barlett J., Stirling D. PCR Protocols // Methods in molecular biology. – 2003. – Vol.226. – 556 p.

19. Охапкина С.С., Акишев А.Г., Дегтярев С.Х. Полимеразно-цепная реакция (ПЦР) и ее применение / Библиотека научных трудов СибЭнзим. –2014. http://sciencerussian.sibenzyme.com/ papers/popularabout/using-pcr

20. Derse D., Diniak A.J., Casey J.W. et.al. Nucleotide sequence and structure of integrated bovine leukemia virus long terminal repeats / Virology. – 1985. –Vol. 141. – P. 162-166.

21. Derse D., Casey J.W. Two elements in the bovine leukemia virus long terminal repeat that regulate gene expression / Science. – 1986. –Vol. 231. – P. 1437-1440.

22. Гильманов Х.Х. Генотипирование крупного рогатого скота по генам, определяющим устойчивость к лейкозу, и геноидентификация его этиологического агента: дис... канд.биол.наук. / Гильманов Хамид Халимович. – Казань, 2019. – 163 с.

23. Martin D., Arjona A., Soto I. et.al. Comparative study of PCR as a direct assay and ELISA and AGID as indirect assays for the detection of bovine leukaemia virus / Vet. Med . B. Infect. Dis. Vet. Publ Health. – 2001. – Vol. 48. – P. 97-106.

24. Облап P.В., Глазко В.И., Созинов А.А. Вирус бычьего лейкоза и диагностика инфицированных животных / Цитология и генетика. – 1997. – №31. – С. 41-43.