biobБиобезопасность и БиотехнологияBiosafety and Biotechnology2707-72412957-5702Научно-исследовательский институт проблем биологической безопасности10.58318/2957-5702-2022-12-24-35biob-36Research ArticleБИОЛОГИЧЕСКАЯ БЕЗОПАСНОСТЬ И БИОЗАЩИТАBIOLOGICAL SAFETY AND BIOSECURITYПОДБОР СПЕЦИФИЧЕСКИХ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ПЦР ПРИ ЛЕЙКОЗЕ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТАSELECTION OF SPECIFIC PRIMERS FOR PCR IN BOVINE LEUKEMIA VIRUSКужебаеваУ. Ж.KuzhebayevaU. Zh.usya_999@mail.ruБейшоваИ. С.BeishovaI. S.УльяновВ. А.UlyanovV. А.УльяноваТ. В.UlyanovaТ. V.КовальчукА. М.KovalchukА. М.ГинаятовН. С.GinayatovN. S.СидароваА. Ж.SidarovaА. Zh.Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир ханаКазахстанZhangir Khan Agrarian Technical UniversityKazakhstan2022260120231122435Copyright © Кужебаева У.Ж., Бейшова И.С., Ульянов В.А., Ульянова Т.В., Ковальчук А.М., Гинаятов Н.С., Сидарова А.Ж., 20232023Кужебаева У.Ж., Бейшова И.С., Ульянов В.А., Ульянова Т.В., Ковальчук А.М., Гинаятов Н.С., Сидарова А.Ж.Kuzhebayeva U.Z., Beishova I.S., Ulyanov V.А., Ulyanova Т.V., Kovalchuk А.М., Ginayatov N.S., Sidarova А.Z.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.biosafety.kz/jour/article/view/36

метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) широко применяется для решения различных задач. ПЦР широко применяется для детекции патогенов бактериальной и вирусной природы. Праймеры являются очень важным компонентом ПЦР, поскольку специфичность амплификации зависит в первую очередь от них. Они необходимы для работы фермента и являются специфичными к фрагменту интереса. По итогам отбора нуклеотидных последовательностей генома или отдельных фрагментов РНК вируса из международной базы данных на сайте NCBI, было выявлено большое количество последовательностей для вируса лейкоза крупного рогатого скота, которые хранятся в банках генов и ежедневно пополняющихся новыми данными. Конструирование праймеров с соблюдением необходимых параметров проводится с помощью различных компьютерных программ, основными из которых являются MUSCLE, UGENE V.36.0, Primer-BLAST, Oligo Analyzer и другие. Сконструированные праймеры затем синтезировали на синтезаторе олигонуклеотидов Expedite 8909, согласно инструкции прилагаемой к прибору. В результате проведенных опытов нами были подобраны и синтезированы специфические синтетические олигонуклеотиды env (g51) _1 и env (g51) _2, для постановки ПЦР при лейкозе крупного рогатого скота.

the polymerase chain reaction (PCR) method is widely used to solve various problems. PCR is widely used for the detection of bacterial and viral pathogens. Primers are a very important component of PCR, since the specificity of amplification depends primarily on them. They are necessary for the enzyme to work and are specific to the fragment of interest. Based on the results of the selection of nucleotide sequences of the genome or individual fragments of the virus RNA from the international database on the NCBI website, a large number of sequences for the bovine leukemia virus were identified, which are stored in gene banks and updated daily with new data. The construction of primers in compliance with the necessary parameters is carried out using various computer programs, the main of which are MUSCLE, UGENE V.36.0, Primer-BLAST, Oligo Analyzer and others. The designed primers were then synthesized on the Expedite 8909 oligonucleotide synthesizer, according to the instructions attached to the device. As a result of our experiments, we selected and synthesized specific synthetic oligonucleotides env (g51)_1 and env (g51)_2, for setting up PCR for bovine leukemia.

вирус лейкоза крупного рогатого скотапраймергеннуклеотидыполимеразная цепная реакцияbovine leukemia virus: primergenenucleotidespolymerase chain reactionReferencesICTV International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Available online at: https://talk.ictvonline.org/taxonomyICTV International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Available online at: https://talk.ictvonline.org/taxonomyBuehring G.C., DeLaney A., Shen H. et. al. Bovine leukemia virus discovered in human blood // BMCInfect Dis. – 2019. – Vol. 19, Issue 1. – P. 297-1-297-10. doi: 10.1186/s12879-019-3891-9.Buehring G.C., DeLaney A., Shen H. et. al. Bovine leukemia virus discovered in human blood // BMCInfect Dis. – 2019. – Vol. 19, Issue 1. – P. 297-1-297-10. doi: 10.1186/s12879-019-3891-9.Khatami A., Pormohammad A., Farzi R. et. al. Bovine Leukemia virus (BLV) and risk of breast cancer:a systematic review and meta-analysis of case-control studies // Infect Agent Cancer. – 2020. – Vol.15. – P. 48-1-48-8. doi: 10.1186/s13027-020-00314-7.Khatami A., Pormohammad A., Farzi R. et. al. Bovine Leukemia virus (BLV) and risk of breast cancer:a systematic review and meta-analysis of case-control studies // Infect Agent Cancer. – 2020. – Vol.15. – P. 48-1-48-8. doi: 10.1186/s13027-020-00314-7.Gillet М., Florins A., Boxus M. et. al. Mechanisms of leukemogenesis induced by bovine leukemia virus: prospects for novel anti-retroviral therapies in human // Retrovirology. – 2007. – Vol. 4. – P. 18-1-18-32. https://doi.org/10.1186/1742-4690-4-18Gillet М., Florins A., Boxus M. et. al. Mechanisms of leukemogenesis induced by bovine leukemia virus: prospects for novel anti-retroviral therapies in human // Retrovirology. – 2007. – Vol. 4. – P. 18-1-18-32. https://doi.org/10.1186/1742-4690-4-18Polat M., Takeshima S.N., Aida Y. Epidemiology and genetic diversity of bovine leukemia virus // Virol J. – 2017. - Vol.14, Issue 1. – P. 209-1-209-16. doi: 10.1186/s12985-017-0876-4.Polat M., Takeshima S.N., Aida Y. Epidemiology and genetic diversity of bovine leukemia virus // Virol J. – 2017. - Vol.14, Issue 1. – P. 209-1-209-16. doi: 10.1186/s12985-017-0876-4.Sultanov A., Rola-Łuszczak M., Mamanova S. et al. Molecular Characterization of Bovine Leukemia Virus with the Evidence of a New Genotype Circulating in Cattle from Kazakhstan / Pathogens. – 2022. – Vol. 11, Issue 2. – P. 180-1-180-21. doi:10.3390/pathogens11020180Sultanov A., Rola-Łuszczak M., Mamanova S. et al. Molecular Characterization of Bovine Leukemia Virus with the Evidence of a New Genotype Circulating in Cattle from Kazakhstan / Pathogens. – 2022. – Vol. 11, Issue 2. – P. 180-1-180-21. doi:10.3390/pathogens11020180Bartlett P.C., Ruggiero V.J, Hutchinson H.C. et.al. Current Developments in the Epidemiology and Control of Enzootic Bovine Leukosis as Caused by Bovine Leukemia Virus // Pathogens. – 2020. – Vol. 9, Issue 12. – P. 1058-1-1058-13. doi: 10.3390/pathogens9121058.Bartlett P.C., Ruggiero V.J, Hutchinson H.C. et.al. Current Developments in the Epidemiology and Control of Enzootic Bovine Leukosis as Caused by Bovine Leukemia Virus // Pathogens. – 2020. – Vol. 9, Issue 12. – P. 1058-1-1058-13. doi: 10.3390/pathogens9121058.Petropavlovsky M.V. Immuno-biological evaluation of individual genetic variants of bovine leukemia virus in the conditions of the Ural region / Collection: Digital agriculture - development strategy Proceedings of the International Scientific and Practical Conference (ISPC 2019). Ser. «Advances in Intelligent Systems Research» . – 2019. – P. 372-377.Petropavlovsky M.V. Immuno-biological evaluation of individual genetic variants of bovine leukemia virus in the conditions of the Ural region / Collection: Digital agriculture - development strategy Proceedings of the International Scientific and Practical Conference (ISPC 2019). Ser. «Advances in Intelligent Systems Research» . – 2019. – P. 372-377.Hamada R., Metwally S., Polat M. et. al. Detection and Molecular Characterization of Bovine Leukemia Virus in Egyptian Dairy Cattle // Front Vet Sci. – 2020. – Vol. 7. – P. 608-1-608-13. doi: 10.3389/fvets.2020.00608Hamada R., Metwally S., Polat M. et. al. Detection and Molecular Characterization of Bovine Leukemia Virus in Egyptian Dairy Cattle // Front Vet Sci. – 2020. – Vol. 7. – P. 608-1-608-13. doi: 10.3389/fvets.2020.00608Петропавловский М.В., Безбородова Н.А., Романова А.С. и др. Опыт применения полимеразной цепной реакции при диагностике вируса лейкоза крупного рогатого скота и ее эффективность на разных этапах проведения оздоровительных мероприятий / Аграрный вестник Урала. – 2019. – №12(191). – С. 52-59.Петропавловский М.В., Безбородова Н.А., Романова А.С. и др. Опыт применения полимеразной цепной реакции при диагностике вируса лейкоза крупного рогатого скота и ее эффективность на разных этапах проведения оздоровительных мероприятий / Аграрный вестник Урала. – 2019. – №12(191). – С. 52-59.Вангели С.В. Сравнительная ультраструктурная характеристика культур клеток, хронически инфицированных вирусом лейкоза крупного рогатого скота: дис... канд.вет.наук: 06.02.02 / Вангели Сергей Валерьевич. – Москва, 2015. – 114 с.Вангели С.В. Сравнительная ультраструктурная характеристика культур клеток, хронически инфицированных вирусом лейкоза крупного рогатого скота: дис... канд.вет.наук: 06.02.02 / Вангели Сергей Валерьевич. – Москва, 2015. – 114 с.Kerkhofs P., Gatot S., Knapen K. Longterm protection against bovine leukaemia virus replication in cattle and sheep / J. Gen.Virol. – 2000. – Vol. 81. – P. 957-963.Kerkhofs P., Gatot S., Knapen K. Longterm protection against bovine leukaemia virus replication in cattle and sheep / J. Gen.Virol. – 2000. – Vol. 81. – P. 957-963.Rossler Н., Burkhardt Н., Rosental S. Influence of different culture conditions on BLV expression in permanently infected PLK cell lines / Folia biol. (CSSR). – 1985. – Vol.31, Issue 4. – P. 273-283.Rossler Н., Burkhardt Н., Rosental S. Influence of different culture conditions on BLV expression in permanently infected PLK cell lines / Folia biol. (CSSR). – 1985. – Vol.31, Issue 4. – P. 273-283.Schwartz I., Bensaid A., Polack B. In vivo leukocyte tropism of bovine leukemia virus in sheep and cattle / J. Virol. – 1994. – Vol. 68, Issue 7. – P.4589-4596.Schwartz I., Bensaid A., Polack B. In vivo leukocyte tropism of bovine leukemia virus in sheep and cattle / J. Virol. – 1994. – Vol. 68, Issue 7. – P.4589-4596.Bruck C., Rensonnet N., Portetelle D. et.al. Biologically active epitopes of bovine leukemia virus glycoprotein gp51: their dependence on protein glycosylation and genetic variability // Virology. – 1984. – Vol. 136, Issue 1. – P. 20-31. doi: 10.1016/0042-6822(84)90244-7.Bruck C., Rensonnet N., Portetelle D. et.al. Biologically active epitopes of bovine leukemia virus glycoprotein gp51: their dependence on protein glycosylation and genetic variability // Virology. – 1984. – Vol. 136, Issue 1. – P. 20-31. doi: 10.1016/0042-6822(84)90244-7.Sagata N., Yasunaga T., Tsuzuku-Kawamura J. et. al. Complete nucleotide sequence of the genome of bovine leukemia virus: its evolutionary relationship to other retroviruses // Proc Natl Acad Sci U S A. – 1985. – Vol. 82, Issue 3. – P. 677-681. doi: 10.1073/pnas.82.3.677.Sagata N., Yasunaga T., Tsuzuku-Kawamura J. et. al. Complete nucleotide sequence of the genome of bovine leukemia virus: its evolutionary relationship to other retroviruses // Proc Natl Acad Sci U S A. – 1985. – Vol. 82, Issue 3. – P. 677-681. doi: 10.1073/pnas.82.3.677.Dieffenbach C., Dveksler G. PCR Primer: A Laboratory Manual / Cold Spring Harbor Laboratory Pr., – Р. 2003-520.Dieffenbach C., Dveksler G. PCR Primer: A Laboratory Manual / Cold Spring Harbor Laboratory Pr., – Р. 2003-520.Barlett J., Stirling D. PCR Protocols // Methods in molecular biology. – 2003. – Vol.226. – 556 p.Barlett J., Stirling D. PCR Protocols // Methods in molecular biology. – 2003. – Vol.226. – 556 p.Охапкина С.С., Акишев А.Г., Дегтярев С.Х. Полимеразно-цепная реакция (ПЦР) и ее применение / Библиотека научных трудов СибЭнзим. –2014. http://sciencerussian.sibenzyme.com/ papers/popularabout/using-pcrОхапкина С.С., Акишев А.Г., Дегтярев С.Х. Полимеразно-цепная реакция (ПЦР) и ее применение / Библиотека научных трудов СибЭнзим. –2014. http://sciencerussian.sibenzyme.com/ papers/popularabout/using-pcrDerse D., Diniak A.J., Casey J.W. et.al. Nucleotide sequence and structure of integrated bovine leukemia virus long terminal repeats / Virology. – 1985. –Vol. 141. – P. 162-166.Derse D., Diniak A.J., Casey J.W. et.al. Nucleotide sequence and structure of integrated bovine leukemia virus long terminal repeats / Virology. – 1985. –Vol. 141. – P. 162-166.Derse D., Casey J.W. Two elements in the bovine leukemia virus long terminal repeat that regulate gene expression / Science. – 1986. –Vol. 231. – P. 1437-1440.Derse D., Casey J.W. Two elements in the bovine leukemia virus long terminal repeat that regulate gene expression / Science. – 1986. –Vol. 231. – P. 1437-1440.Гильманов Х.Х. Генотипирование крупного рогатого скота по генам, определяющим устойчивость к лейкозу, и геноидентификация его этиологического агента: дис... канд.биол.наук. / Гильманов Хамид Халимович. – Казань, 2019. – 163 с.Гильманов Х.Х. Генотипирование крупного рогатого скота по генам, определяющим устойчивость к лейкозу, и геноидентификация его этиологического агента: дис... канд.биол.наук. / Гильманов Хамид Халимович. – Казань, 2019. – 163 с.Martin D., Arjona A., Soto I. et.al. Comparative study of PCR as a direct assay and ELISA and AGID as indirect assays for the detection of bovine leukaemia virus / Vet. Med . B. Infect. Dis. Vet. Publ Health. – 2001. – Vol. 48. – P. 97-106.Martin D., Arjona A., Soto I. et.al. Comparative study of PCR as a direct assay and ELISA and AGID as indirect assays for the detection of bovine leukaemia virus / Vet. Med . B. Infect. Dis. Vet. Publ Health. – 2001. – Vol. 48. – P. 97-106.Облап P.В., Глазко В.И., Созинов А.А. Вирус бычьего лейкоза и диагностика инфицированных животных / Цитология и генетика. – 1997. – №31. – С. 41-43.Облап P.В., Глазко В.И., Созинов А.А. Вирус бычьего лейкоза и диагностика инфицированных животных / Цитология и генетика. – 1997. – №31. – С. 41-43.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.